屠殺

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十一日當天，荷兵的攻擊毫無成就，反而損失了二名荷兵及十三名原住民。原來郭懷一生前命大家退後留出空間，在這空間就掘了近一百個陷阱，每個陷阱下豎立多支削尖的竹棍，陷阱上再舖設偽裝為平地。除此之外尚有獸夾，藏置於無法掘陷阱之處，如樹下及草叢中。
十一日當天，革命軍沒有與荷軍接觸，但荷方卻無端損失十五名戰士。十一日夜間，荷兵更是不敢攻擊。
九月十二日，費爾勃格從熱蘭遮城調來四門大砲，一大早就架好發砲。雖然是漫無目標的砲轟，但也造成不少的災害。

荷蘭人在擊敗了郭懷一後，全面展開大掃蕩清鄉，最重要的任務是捉拿革命軍首腦郭懷一。十四日，荷人拿獲十二名藏在甘蔗田和其他農田裡的革命份子，均被荷人和原住民當場殺死。
在大掃蕩中，漢人陷入了極大的恐懼，荷兵配合原住民部隊沿家挨戶地搜查，因搜查者得以因殺人而領獎，大部份死者無故被殺，又或是公報私仇。台灣陷入恐怖統治，在此時期被殺的人數沒有統計資料。
郭懷一的副將吳化龍，荷人稱為Louge Kwa或Louequa，在冒險赴往離大員七荷里的Tankoya時不幸為荷人所獲，革命最後的希望也隨之破滅。吳化龍被送到大員交付給長官費爾勃格。捉不到郭懷一，費爾勃格執行副首領吳化龍之死刑時，特別召集大員所有被殖民者前來觀看，當然也包括原住民在內。
大員廣場中堆起木柴，柴堆中堅立一樹幹，再將吳化龍綁在樹幹上。在人群及所有各社長老面前，荷人宣讀司法委員會全體委員一致通過的審判罪狀，點火把他活活燒死，再將其屍體置於地上，以馬拖行全市大小街道，然後斬下其首級，插在竹竿上，置於市區廣場人們必經之處。
劉禮國和蔡益可分別被送到普羅岷西亞及新港社，各地均召集居民，集合群眾宣讀罪狀後，在廣場中將受刑人平躺在地上，再將四肢及頭分別以繩索捆綁在五匹馬上，一聲令下五匹馬五個方向同時向前衝，人體在強大的拉扯下分解，血液四面噴射，令人驚心動魄。此謂磔刑。費爾勃格在各地以磔刑示眾，不分漢人或是原住民村落，目的在使眾多被殖民者了解統治者的力量，從此不敢再言反抗。
這場革命歷經十二天才被荷蘭人鎮壓下來。漢人中有共有九千人被集体屠殺，其中包括四千男人及五千婦孺。九月十九日，荷蘭通告中，荷方宣告整個台灣島的革命活動已經平定，從九月七日起，到九月十八日止，前後十二天。
荷人記錄：「……又捉獲六名革命軍首領，其中三人Sinco Swartbaert、Lauleko劉禮國、T'siecko蔡益可，被長官提審，質問他們起事的原因，並嚴刑拷打，但他們不肯做出任何妥協，隻字不講，恰似被愚蠢的魔鬼附身一樣，其中的兩名用刑過度而死去，第三名被折磨得半死，又被搶救過來。其他二名似乎經不住百般痛苦而招供，他們說事前巳得到叛亂的消息，並參與起義隊伍。但均為被射中的郭懷一、Swartbaert和Lauleko所煽動。」從荷人的正式報告可以看出殘暴酷刑。
荷人始終找不到郭懷一的屍體或墳墓。