對原住民的征伐

淚吻

原住民分為生蕃及熟蕃。熟蕃與漢人雜處、通婚、生活漢化，也即是「平埔族」。 而生蕃對土地遭受染指，又徭賦過重，生計困難，迫使番民流離遷徙。造成了漢番的衝突，於是建土牛為界。　在稅賦方面不分男女概徵丁米，對識字番，每丁需年繳一石，壯番一石七斗，少壯番一石三斗，番婦亦不可免需繳一石。
在?社制度下，「社商」成為對原住民的剝削者，利用通事、夥長為工具，向原住民無惡不作，挑撥離間，顛倒是非，善惡不分，並納番婦為妻妾，對原住民施行鞭打。原住民在此環境下，自然形成一股反抗的力量。
一六六四年十二月，原住民遭受張志、黃明凌削，引起大肚番阿德狗讓（A-tek-kaujong）等反抗，鄭成功令楊祖往征，但中標槍而死，又派勇衛黃安、陳瑞二鎮往征，黃安設下圈套，遂斬阿德狗讓，撫綏而後班師。
一六七一年八月鄭經曾率兵討伐斗尾龍岸蕃，深入番地，進入甘蔗區，兵士取蔗食之，此時四面發火，出現有紋面、紋身尾龍岸蕃五、六百人前來圍攻，所幸劉國軒從半線率兵來支援，而將尾龍岸蕃驅入深山。此族極可能是泰雅族。鄭軍僅能毀其巢而返。
一六七○年，十月在彰化附近有一不歸順生蕃「沙轆社」（今台中沙鹿鎮），此社原有數百人，鄭軍劉國軒來此討伐，人口死亡殆盡，僅餘六人匿海口。
排灣族的傀儡蕃在荷據時期及東寧王朝時多次據險而戰，皆能使敵人卻步。傀儡蕃是鳳山附近山地排灣族之一支，鄭軍數度出兵，均未能勦平。
一六七七年東寧參軍林圯率領部隊開闢斗六門（今雲林斗六鎮）野地，築木柵而居，與土番作戰，漸拓地至水沙連；但大批原住民來攻，林圯不敵，戰死。後人為紀念林圯，故取名為林圯埔（今南投竹山鎮）。
在一六八二年（康熙二十一年）鄭氏東寧王朝守為防守滿清入侵，在雞籠強差原住民做苦力工作，十分嚴厲，並時常加以鞭笞，因此原住民起來反抗。殺漢人各社通事，搶奪糧餉以洩恨，新港（今苗栗後龍鎮）、竹塹（今新竹）等地也起來響應。 東寧王朝左協陳絳率兵來，原住民無法對抗，全部逃入山區，繼續抗爭，而漢人則立柵來防守，此後採用撫剿並用。這群入山的原住民據推測即今日的賽夏族。
鄭經曾嘗試玉山探險，現在苗栗溯溪而上，到中港溪上流附近，但因瘴癘之氣，難以前進，就中止探險。